Токио, 21 век. Практически в центре города стоит малоприметное здание, которое многие горожане считают школой для особо одаренных детей, название которой «Конохагакуре». Отчасти они правы, если не считать того, что дети «особо одарены» сверхъестественными способностями. Таких называют «Шиноби». Этих детей воспитывают для защиты страны, а так же для того, чтоб общество не уничтожило их, сочтя за опасность. Финансируется эта школа правительством Японии. Программа обучения направлена на умения контролировать свои способности во избежание трагедий. Но, к сожалению далеко не все выходцы этой школы направили свои умения во благо. По стране действуют две сильные группировки Шиноби и много маленьких, целями которых являются далеко не мир и процветание родины. Сильнейшие группировки называют себя «Ото» и «Акатсуки» и враждуют как со всем миром, так и между собой. Ото, лидером которой является один из лучших выпускников Конохи – Орочимару, озадачена только захватом власти в школе и установкой контроля над подрастающим поколением Шиноби, для увеличения своей боевой мощи. Акатсуки же, официальным лидером которой является таинственный Пейн, преследуют куда более глобальную цель – захват мира с последующим разрушением.